FIPS fue especialmente diseñado para proporcionar el máximo de seguridad. Al empezar chequea las posibles incoherencias en la tabla de partición, sector de arranque y en la FAT. Si encuentra algo sospechoso, lo indicará. Si hay algún error FIPS no continuará. Se tiene la posibilidad de copia de seguridad del sector raíz y del de arranque a un floppy disk antes de empezar. Si algo va mal estos datos se pueden recuperar con el programa RESTORRB.EXE (ver sección 5). Recomiendo encarecidamente hacer uso de dicha característica. También le permite recuperar la partición más tarde, por lo tanto es buena idea guardar los sectores de arranque y raíz en un lugar seguro. FIPS chequea el espacio libre en la partición y le dejará escoger de esta forma el comienzo del nuevo cilindro. Una vez calculada la nueva tabla de partición y de sector de arranque FIPS comprobará todo de nuevo, de forma que se puedan detectar posibles errores en el cálculo. Sólo si todo va bien, FIPS le pedirá permiso para escribir el nuevo sector de arranque y raíz.