Tripwireで作業する前に、アプリケーションの重要なファイルがどこにあるかを知っておく必要がります。 Tripwireでは、ファイルはその役割に応じて色々な場所に格納されています。
/usr/sbinディレクトリにはtripwire、twadmin、 twprintの3種類のプログラムが格納されます。
/etc/tripwireディレクトリには、ローカルキーとサイトキー（*.keyファイル）、初期化スクリプト（twinstall.sh）、さらにサンプルと実際それぞれの設定ファイルとポリシーファイルがあります。
/var/lib/tripwireディレクトリには、使用しているシステムのTripwireデータベース（*.twd）と、作成されたレポートが保存されるreportディレクトリがあります。host_name-date_of_report-time_of_report.twrという名前のTripwireレポートには、Tripwireデータベースと実際のシステムファイルとの違いが詳しく記載されます。