Una estructura de sistema de ficheros de un sistema operativo es el nivel más básico de organización. Casi siempre un sistema operativo interactúa con sus usuarios, aplicaciones y modelos de seguridad que dependen de la manera en que almacena los ficheros en un dispositivo de almacenamiento primario (normalmente una unidad de disco duro). Por varios motivos, es muy importante que los usuarios, así como los programas para la instalación y demás, sean capaces de referirse a unas pautas comunes para saber donde escribir y leer los ficheros binarios, la configuración, registro y otros ficheros.
Un sistema de ficheros se podría resumir en términos de dos categorías diferentes de ficheros:
ficheros compartibles vs. no compartibles
ficheros variables vs. estáticos
Los ficheros compartibles son aquéllos a los que se puede acceder desde varios hosts; mientras que los ficheros no compartibles no están disponibles a todos los hosts. Los ficheros variables pueden cambiar en cualquier momento sin una intervención del gestor de sistemas (activa o pasiva); los ficheros estáticos, tales como documentación y binarios, no cambian sin una actuación por parte del gestor de sistemas o de una agente que el gestor de sistemas haya escogido para realizar esta tarea.
El hecho de que estos ficheros sean vistos de esta manera se debe al tipo de permisos otorgados por el directorio que los sostiene. El modo en que el sistema operativo y sus usuarios necesitan utilizar los ficheros determina el directorio en el cual estos ficheros deberían estar ubicados, dependiendo de si el directorio está montado sólo en modo escritura o en modo lectura-escritura. El nivel más alto de esta organización es crucial, de la misma manera que el acceso a los directorios marcados puede ser restringido o se podrían manifestar problemas de seguridad si el nivel más alto se queda desorganizado o sin una estructura ampliamente utilizada.
No obstante, el hecho de tener simplemente una estructura no significa mucho a menos que ésta sea estándar. Las estructuras competitivas pueden causar más problemas de los que solucionan. Por esta razón, Red Hat ha escogido la estructura de sistema de ficheros y la ha extendido ligeramente para acomodar los ficheros especiales usados en Red Hat Linux.