GNUPLOT が起動されるとき，初期設定ファイルを読み込もうとします．この ファイルは Unix と AmigaDOS では，`.gnuplot` であり，その他の処理系で は `GNUPLOT.INI` となっています．このファイルがカレントディレクトリに 無い場合，GNUPLOT はホームディレクトリを検索します(AmigaDOS と AtariTOS と MS-DOS と OS/2 MS-DOS では，環境変数 GNUPLOT にホーム ディレクトリに対応するディレクトリを指定します)．注意: インストールの 時に NOCWDRC を定義した場合には，GNUPLOT はカレントディレクトリからは 読みません．
初期設定ファイルが見つかると，GNUPLOT はこのファイルに書かれているコ マンドを実行します．出力装置の指定や，よく使う関数や変数の定義をここ で行うと便利でしょう．