La elección entre NIS y NIS+ es fácil - usa NIS si no tienes que usar NIS+ o si no tienes severas necesidades de seguridad. NIS+ es mucho más problemático de administrar (es bastante fácil de manejar la parte del cliente, pero la parte del servidor es horrible). Otro problema es que el soporte para NIS+ bajo Linux está todavía en desarrollo --una cosa importante de la que todavía carece es del soporte para encriptación y autentificación de datos que es _la_ principal razón por la que alguien querría usar NIS+...--
La elección entre el NIS tradicional o el código NIS de la librería NYS es una elección entre vagancia y madurez vs. flexibilidad y deseos de aventura.
El código "NIS tradicional" está en la librería C estándar y ha estado ahí fuera por mucho tiempo, sufriendo a veces de su edad y de un poco de inflexibilidad.
El código NIS de la librería NYS, por otro lado, requiere, una de dos, o
que recompiles y re-enlaces todos tus programas a la librería libnsl, o
que recompiles la librería libc para que incluya el código libnsl (o tal
vez puedas ir y obtener una versión precompilada de alguien que ya lo
haya hecho).
Otra diferencia es que el código tradicional NIS tiene algún soporte para Netgroups NIS, cosa que el código NYS no tiene (todavía). Por otro lado, el código NYS te permite manejar Shadow Passwords de una forma transparente.