#!/usr/bin/perl -w
use Data::Dumper;
print "Introduce el número de secuencias a generar aleatoriamente\n";
$var1 = <STDIN>;
print "Introduce el número de nucleótidos de la secuencia\n";
$var2 = <STDIN>;
$longitud = @bases;
sub aleatorio {
local @ns = (a,g,c,t);
$lon = $_[1];
$col = $_[0];
@a = ();
local $i = 0;
local $u = 0;
while ($u <= $col - 1 && $i <= $lon - 1) {  
$result = @ns[int(rand(4))];
$a[$u][$i] = $result;
$i = $i + 1;
if ($i == $lon ) {
$u = $u + 1;
$i = 0;
} 
} 
return @a;
}

print Dumper(&aleatorio($var1,$var2));

$k = 0;
$count = 0;
$s1 = 0;
$s2 = 1;
while ($s1 <= $col - 2  &&  $s2 <= $col - 1 && $k <= $lon - 1 ) {
if ($a[$s1][$k] eq $a[$s2][$k]) {
$count = $count + 1;
}
$k = $k + 1;
if($k == $lon ) {
$k = 0;
$s2 = $s2 +1;
} 
if ($s2 == $col ) {
$k = 0;
$s1 = $s1 + 1;
$s2 = $s1 + 1 ;
}

}
for ($p = $col - 1, $r = $col -2; $r >= 0 ; $r--){
$p += $r;
}

print "El numero de nucleotidos identicos es: $count\n";
print "El numero de comparaciones es: $p\n"; 
$y = $count/$p;
$cor = $y/$lon;
print "La fraccion promedio de los nucleotidos identicos que estan en la misma posicion es: $cor";